本校創設至今已逾九十六年，為南港地區第一所學校，擔任著辦理南港地區，教育地方學子及失學民眾國民教育的重要工作。南港區在光復後，係為臺北縣南港鎮，地區規劃為工業區，整個地區可用土地，大多設置為各種工廠，如臺肥六廠、啟業化工、南港輪胎、瓶蓋工程等，更有中央研究院的設置。在民國五十七年改隸屬臺北市。近年來工商業快速成長，對於環境保護等因素的要求，因此各種工廠陸續遷移或關閉，在臺肥六廠、啟業化工的遷移後，大片土地進行重劃工作。然而部分建築物，因為土地與建築物的產權，分屬不同的人所有，因此更新不易，造成地方不均衡的發展。有些地方的發展由傳統色彩，已蛻變成為工商社區，造成新舊參差不齊。

本校在歷任校長和教職員工的努力經營下，並且結合家長及社區居民的力量，期望由傳統社區型態進步轉型為符合時代潮流的現代化學校。因土地重劃時，將本校現有的校地變更為商務用地，而在南港軟體工業園區西側，設置一處新校地，於93年4月，經馬市長核示盡速辦理遷校工程，因此本校96年10月15日舉行動土典禮，並於99年1月24日遷至新校區上課，希冀藉此機會能提供學生更優質學習環境。

學校大事紀

一、民國三年三月三日，成立台灣台北廳公立錫口公學校南港分校   校址：台北廳大加蚋（蠟）南港三重埔庄127番地。

二、民國七年三月三日，獨立為公立南港公學校，校址：台北廳大加蚋（蠟）南港三重埔庄一二七番地。

三、民國三十年，改為台灣台北州公立南港國民學校，校址：台北州七星郡內湖庄南港三重埔庄一二七番地。

四、民國三十年四月，附設南港特設國語講習所，創立南港國民學校舊制高等科，創立後山陂分校（現在玉成國小）。

五、民國三十四年，台灣光復，改為台北縣南港鎮南港國民學校。校址：台北縣南港鎮三重里三重路三十八號，派葉金火先生為首任校長。

六、民國三十六年九月，創立麗山分校（現在舊莊國小）。

七、民國三十九年十一月，奉令核定為臺北縣七星學區南港國民示範學校。

八、民國四十二年十一月，何東源先生接任第二任校長。

九、民國四十三年九月，創立舊莊分校（含麗山分校）。

十、民國五十一年八月，奉教育部核定為新課程標準全年教學計畫國民學校。

十一、民國五十一年九月，奉臺灣省政府教育廳核定為重點輔導國民學校。

十二、民國五十四年十月，陳英同先生接任第三任校長。

十三、民國五十七年，台北市改制，劃分為台北市南港區南港國民小學 。校址：台北市南港區三重里南港路一段三十八號。

十四、民國六十年三月，李穎萍先生接任第四任校長。

十五、民國六十二年八月，楊德全先生接任第五任校長。

十六、民國六十五年九月，教育部指定為新課程標準試用學校。

十七、民國六十七年八月，創設南港國民小學附設補習學校，辦理啟智教育輔導班。

十八、民國六十八年八月，丁占鰲先生為第六任校長。

十九、民國六十八年十一月，教育局指定試辦家長參觀教學日。

二十、民國六十九年六月，教育局指定為臺北市美化環境示範學校。

二一、民國六十九年八月，奉令辦理聽覺障礙教育班。

二二、民國七十四年八月，張登旺先生為第七任校長。

二二、民國七十九年一月，設置幼稚園。

二三、民國八十年八月，范達人先生為第八任校長。

二四、民國八十年，興建游泳池。

二五、民國八十二年八月，吳進興先生為第九任校長。

二六、民國八十六年二月，林鈴子先生為第十任校長。

二七、民國九十年八月，林塗生先生為第十一任校長。

二八、民國九十年九月，納莉颱風造成校舍淹水。

二九、民國九十二年十一月，奉令成立「雙語教育班。」

三十、民國九十三年三月三日建校九十週年，四月九日辦理慶祝活動。

三十一、民國九十四年八月，湯昶洪先生為第十二任校長。

三十二、民國九十五年八月成立籃球體育班2班。

三十三、民國九十六年十月十五日新建校舍動土典禮。

三十四、民國九十九年一月廿四日，本校自南港路遷至惠民街新校舍，校址：臺北市南港區惠民街67號。

三十五、民國九十九年八月，劉林榮先生為第十三任校長。

三十六、民國九十九年十一月，運動場館正式委外營運。