本校於民國十年四月初創立，名為台灣公立飛沙公學校，校址設在頂飛沙。

民國十一年七月由舊校址頂飛沙遷入現在的校址。

民國三十四年台灣光復改稱台南縣四湖鄉第二國民學校。

民國三十六年八月更名為台南縣北港郡四湖鄉飛沙國民學校。

 民國三十九年十月因行政區域變更，分轄雲林縣，更名為雲林縣四湖鄉飛沙國民學校。

 民國五十九年九月奉令改為雲林縣四湖鄉飛沙國民小學。